Kerusuhan yang terjadi di Timor Leste mengakibatkan sejumlah dokumen penting di Kejaksaan Agung Timor Leste. Salah satunya adalah dokumen yang menyangkut Jenderal (Pur) Wiranto, terkait dengan kerusuhan pasca referendum di Timor Leste. Alhasil, ada yang mengkait-kaitkan kerusuhan yang terjadi saat ini dengan pihak Indonesia.

Namun hilangnya arsip Jenderal Wiranto, ditolak Menteri Luar (Menlu) Negeri Hassan Wirajuda memiliki kaitan dengan Pemerintah Indonesia. "Kita tidak mau sama sekali ada beban atau tuduhan bahwa Indonesia terlibat dalam masalah-masalah Timor Leste. Itu adalah masalah dalam negeri mereka," kata Hassan di Kantor Kepresidenan, Jakarta, Jumat, sekaligus membantah sinyalir media asing yang banyak mengaitkan nama Indonesia dalam kerusuhan di Timor Leste, akibat hilangnya arsip kerusuhan Timtim pasca-jajak pendapat pada 1999 yang melibatkan sejumlah tokoh RI, termasuk Wiranto.

Berkaitan dengan diperketatnya penjagaan perbatasan wilayah RI – Timor Leste, Hassan mengatakan, keputusan mengenai hal itu akan sangat tergantung pada perkembangan situasi. "Kita lihat dulu, kita cermati perkembangannya. Pada pihak lain, kita juga ingin, agar penutupan perbatasan yang memang relatif ketat juga jangan sampai merugikan pihak Timor Leste dalam arti arus lalu lintas barang dan jasa yang memang diperlukan kita juga mesti buka pelan-pelan," katanya.

Menlu menjelaskan, dirinya telah berbicara dengan Menlu Timtim, Jose Ramos Horta, pada hari Rabu (31/5) untuk meyakinkan bahwa penutupan perbatasan darat itu tidak akan sampai merugikan Pemerintah Timor Leste dalam penyediaan barang yang diperlukan mereka. "Dia (Ramos) mengerti sepenuhnya, dan mengatakan bahwa suplai barang dengan menggunakan angkutan laut dari Surabaya masih berlangsung," ujarnya.

Mengenai pengungsi, Wirajuda mengungkapkan, Pemerintah RI hingga Jumat (2/6) telah mengevakuasi sekitar 1.400 Warga Negara Indonesia (WNI) dari Dili, namun belum diketahui apakah warga di luar Dili juga ingin keluar dari wilayah Timtim, menyusul kerusuhan yang masih melanda Dili. "Kita belum tahu pasti apakah mereka yang berada di luar Dili memiliki kepentingan untuk dievakuasi, karena sejauh ini di luar Dili relatif aman. Dengan kata lain, kita tidak terlalu khawatir dengan WNI yang ada di luar Dili," katanya.

Kendati demikian, ia menegaskan, Pemerintah melalui TNI-AU tetap menyiagakan pesawat Hercules untuk mengevakuasi bila ada WNI yang bermaksud meninggalkan Timtim. Kedutaan Besar RI (KBRI) di Dili, menurut Menlu, masih beroperasi dan terus melakukan kontak-kontak dengan Pemerintah Timtim.

Sejak memulai evakuasi pada Sabtu ((27/5), pesawat Hercules milik TNI-AU mengevakuasi WNI sebanyak 1.379 orang dari Dili menuju Kupang, sebagai tindakan penyelamatan terhadap WNI dari pertikaian antar-kelompok di wilayah bekas provinsi ke-27 Indonesia itu. Evakuasi terakhir dilakukan pada Selasa (30/5) terhadap 98 WNI sebagai kelompok terbang (Kloter) terakhir dari Bandara Comoro Dili, Timtim menuju Kupang, Nusa Tenggara Timur (NTT).